La Giunta di dottorato è il luogo dove vengono prese le decisioni sui  problemi correnti (quando attivare il nuovo ciclo, chi può essere accettato per l’esame finale, quando iniziare l’attività didattica, ecc.). In particolare si decide ogni anno quali dottorandi sono ammessi all’anno successivo.
La giunta di dottorato cambia normalmente ogni tre anni e al momento  (2020-2023) è composta da:
- Francesco Camera
- Carla Casagrande
- Vincenzo Crupi
- Luca Fonnesu
- Simona Forti
- Anna Elisabetta Galeotti (coordinatore)
- Simona Langella
- Graziano Lingua (coordinatore curriculum teoretico)
- Cristina Meini
- Maurizio Mori
- Valeria Ottonelli (coordinatore curriculum etico-politico)
- Gianenrico Paganini
- Tommaso Piazza (coordinatore curriculum epistemologico)
- Iolanda Poma
- Paola Rumore (coordinatore curriculum storico)
- Luca Vanzago
- Massimiliano Vignolo
Rappresentanti degli studenti
- Laura Santi Amantini (Cycle 33)
- Giulio Sciacca (Cycle 34)
- Giorgio Matteoli (Cycle 35)
GIUNTA ANNI 2017-2020
- Margherita Benzi
- Angelo Campodonico
- Carla Casagrande
- Emanuela Ceva
- Gerardo Cunico
- Elisabetta Galeotti (Coordinatore CurriculumEtico-Politico)
- Graziano Lingua
- Maurizio Mori
- Valeria Ottonelli (vice Coordinatore)
- Gianenrico Paganini
- Iolanda Poma
- Tommaso Piazza
- Paola Rumore (Coordinatore Curriculum Storico)
- Luca Vanzago (Coordinatore Curriculum Teoretico)
- Massimiliano Vignolo (Coordinatore Curriculum Epistemologico)
- Alberto Voltolini
- Federico Zuolo